Mặc dù đạt được những kết quả đáng khích lệ nhưng công tác cấp nước sinh hoạt cho người dân vùng nông thôn khu vực đồng bằng sông Cửu Long dự báo gặp nhiều khó khăn, thách thức trong thời gian tới. Trong đó, phải kể đến ảnh hưởng của biến đổi khí hậu và sự gia tăng sử dụng nước của các quốc gia thượng nguồn nên nguồn nước ngọt khu vực này đang có xu hướng suy giảm về trữ lượng và chất lượng; xâm nhập mặn có xu hướng xuất hiện sớm và dài hơn; ô nhiễm nguồn nước mặt và thu hút đầu tư các thành phần kinh tế trong lĩnh vực cấp nước sạch nông thôn còn hạn chế…