Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Cục Thủy lợi tại Quyết định số 33/QĐ-TL-VP. Trung tâm có chức năng phục vụ quản lý nhà nước và thực hiện các dịch vụ công về kỹ thuật và chính sách đầu tư, khai thác, bảo vệ công trình cấp nước, thoát nước, xử lý nước thải nông thôn; kiểm nghiệm chất lượng nước và môi trường nông thôn; hợp tác quốc tế, thông tin và truyền thông; nghiên cứu, ứng dụng khoa học kỹ thuật, chuyển giao công nghệ và tư vấn, dịch vụ về cấp nước sạch, thoát nước, xử lý nước thải và môi trường nông thôn trong phạm vi cả nước.

Trung tâm chuyển nguyên trạng từ trực thuộc Bộ Nông nghiệp và PTNT sang là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Thủy lợi tại Quyết định số 334/QĐ-TCTL-VPTC ngày 28/8/2019 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy lợi.

Đến năm 2014, Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn tiếp tục được kiện toàn là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định tại Quyết định số 3906/QĐ-BNN-TCCB ngày 12/9/2014).

Đến năm 2008, Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn được đổi tên thành Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định tại Quyết định số 45/2008/QĐ-BNN ngày 11/3/2008).

Trung tâm Nước sinh hoạt và Vệ sinh môi trường nông thôn đã chủ trì xây dựng Chương trình mục tiêu Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn (giai đoạn 1999 -2020 và giai đoạn 2021 -2025); cùng Bộ Xây dựng xây dựng chủ trì xây dựng Chiến lược Quốc gia về cấp nước sạch và vệ sinh nông thôn đến năm 2020; từ năm 2000 đến năm 2005 Trung tâm thực hiện thêm nhiệm vụ Văn phòng thường trực Chương trình mục tiêu Quốc gia nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn. Trong giai đoạn này, Trung tâm đã đề xuất, tham gia xây dựng nhiều chính sách cho cấp nước sạch nông thôn; đồng thời tiếp nhận và triển khai có hiệu quả sự hỗ trợ của tổ chức UNICEF, tổ chức JICA (Nhật Bản), DANIDA (Đan Mạch)... cho cấp nước nông thôn.

Trung tâm Nước sinh hoạt và Vệ sinh môi trường nông thôn đổi tên thành Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn theo Quyết định số 122/2003/QĐ-BNN ngày 10/11/2003.

Theo Nghị định số 26/CP ngày 17/4/1995 của Chính phủ, Ban quản lý chương trình nước sinh hoạt nông thôn được chuyển về Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và được đổi tên thành Trung tâm Nước sinh hoạt và Vệ sinh môi trường nông thôn (theo Quyết định số 236 NN-TCCB/QĐ ngày 12/12/1995 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn). Tại các địa phương Chương trình nước sinh hoạt nông thôn tỉnh cũng đổi tên thành các Trung tâm nước sinh hoạt và Vệ sinh môi trường nông thôn trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (theo Quyết định số 852/TTg ngày 28/12/1995 và Thông tư hướng dẫn số 07/LB/TT ngày 24/4/1996 của liên Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội và Ban tổ chức cán bộ chính phủ).

Chính phủ Việt Nam đã thành lập Uỷ ban quốc gia về nước uống và vệ sinh môi trường với chức năng tư vấn Chiến lược về cấp nước và vệ sinh môi trường. Tổ chức Quĩ Nhi đồng Liên Hợp Quốc (UNICEF) cũng bắt đầu viện trợ cho Việt Nam Chương trình nước sinh hoạt nông thôn tài khoá đầu tiên (1982 - 1986). Tiếp nhận Chương trình ở cấp Trung ương là Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội (đơn vị trực tiếp quản lý là Chương trình Quốc gia nước sinh hoạt nông thôn, sau đổi tên thành Ban quản lý Chương trình nước sinh hoạt nông thôn - tiền thân của Trung tâm nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn); ở cấp địa phương là Chương trình nước sinh hoạt nông thôn tỉnh trực thuộc Sở Lao động, Thương binh và Xã hội. Hai năm đầu Chương trình được triển khai ở 3 tỉnh đồng bằng sông Cửu Long, đến năm 1984 mở rộng ra 6 tỉnh và đến năm 1993 mở rộng ra 53 tỉnh thành trong cả nước (nay là 63 tỉnh).